خلال برنامجه "حديث القاهرة" المذاع على قناة القاهرة والناس المصرية، انتقد إبراهيم عيسى في مطلع أبريل/ نيسان 2022، شكك في أهمية صلاة التراويح واستخدام مكبرات الصوت في الصلاة خلال شهر رمضان، معتبرا ذلك "طقسا سلفيا طرأ على مصر حديثا".

إبراهيم عيسى انزلق في 18 فبراير/ شباط 2022 إلى حد غير مقبول من الإفك بحق الدين الإسلامي، إذ زعم أن معجزة "المعراج" قصة وهمية، وكما أغضب ملايين المصريين بزعمه أن جداتهم وأمهاتهم بالصعيد المعروف بالالتزام بالقيم الدينية، كن يلبسن المايوه والتنورات القصيرة في ستينيات القرن العشرين.

ألمحوا إلى أن هدفهم هو إحصاء الملحدين (اللا دينيين) العرب في الشرق الأوسط، عن طريق معرفة عدد من سيشاركون في يوم المظاهرة الإلكترونية بالدخول على موقعهم، حيث سيعتبرون كل من يسجل على الموقع "ملحدا".

الإعلامي المصري إبراهيم عيسى انتقد تدريس النصوص الدينية الإسلامية، وطالب بتدريس النصوص المسيحية واليهودية، وتساءل عن إمكانية إصدار قرار أو قانون لتحديد عدد الأبناء للحصول على دعم الدولة بطفلين فقط.

دأب عيسى على نقل معاركه مع جماعة الإخوان المسلمين، وحكم الرئيس محمد مرسي، إلى التوغل نحو العقيدة الإسلامية بشموليتها، فتارة يهاجم كبار الصحابة والخلفاء الراشدين، وتارة يهاجم الرموز الإسلامية المعاصرة مثل الشيخ الشعراوي.